El Sistema Universitario es el único agente del sistema de ciencia, tecnología e innovación que reúne en su seno los tres vértices del triángulo del conocimiento: la educación, la investigación y la innovación.
Entre los objetivos estratégicos de la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea, destacan en el desarrollo de investigación de excelencia y la contribución a la generación y transferencia de conocimiento a empresas e instituciones.
La investigación en la Universidad de Deusto se desarrolla a través de la OTRI (Oficina de Transferencia de Resultados de Investigación).
La OTRI de la Universidad está compuesta por dos centros:
El desarrollo de la investigación es una de las bases del sistema educativo de Mondragón Unibertsitatea. Para ello aglutina una red de entidades en el área de la Investigación Tecnológica, IKERLAN e IDEKO, ha impulsado la creación del Polo de Innovación Garaia. Cuenta con la colaboración del grupo empresarial cooperativo MCC, el Grupo Ulma S.Coop., la Fundación Gizabidea y la Mancomunidad del Alto Deba.
La Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED) es una Universidad Pública de ámbito estatal que cuenta con una sede en Bizkaia. La Universidad ha venido siendo la generadora de nuevos conocimientos y la responsable de su transmisión a las sociedades, ha albergado a pensadores y científicos.
La Escuela Superior de Ingenieros de San Sebastián, perteneciente a la Universidad de Navarra, se propone contribuir a la formación profesional, científica y humana de los futuros ingenieros. Las tareas de investigación en la Escuela de Ingenieros se desarrollan en colaboración con el Centro de Estudios e Investigaciones Técnicas de Gipuzkoa (CEIT).